Es un órgano conformante del Sistema Nacional de Control, cuya finalidad es llevar a cabo el control gubernamental en la entidad promoviendo la correcta y transparente gestión de los recursos y bienes de la entidad, cautelando la legalidad y eficiencia de sus actos y operaciones, así como, el logro de sus resultados, mediante la ejecución de los Servicios de Control (simultáneo y posterior) y servicios relacionados, con sujeción a los principios del Control Gubernamental enunciados en el artículo 9º de la ley 27785. Desarrolla las siguientes funciones:

• Formular, en coordinación con las unidades orgánicas competentes de la CGR, el Plan Anual de Control, de acuerdo a las disposiciones que sobre la materia emita la CGR.
• Formular y proponer a la UNFV el presupuesto anual del OCI para su aprobación correspondiente.
• Ejercer el control interno simultáneo y posterior conforme a las disposiciones establecidas en las Normas Generales de Control Gubernamental y demás normas emitidas por la CGR. 
• Ejecutar los servicios de control simultáneo y posterior, así como los servicios relacionados con sujeción a las Normas Generales de Control Gubernamental y demás disposiciones emitidas por la CGR.
• Cautelar el debido cumplimiento de las normas de control y el nivel apropiado de los procesos y productos a cargo del OCI en todas sus etapas y de acuerdo a los estándares establecidos por la CGR.
• Comunicar oportunamente los resultados de los servicios de control a la CGR para su revisión de oficio, de corresponder, luego de lo cual debe remitirlos al Rector, y a los órganos competentes de acuerdo a ley; conforme a las disposiciones emitidas por la CGR.
• Comunicar los resultados de los servicios relacionados, conforme a las disposiciones emitidas por la CGR.
• Actuar de oficio cuando en los actos y operaciones de la entidad se adviertan indicios razonables de falsificación de documentos, debiendo informar al Ministerio Público o al Rector, según corresponda, bajo responsabilidad, para que se adopten las medidas pertinentes, previamente a efectuar la coordinación con la unidad orgánica de la CGR bajo cuyo ámbito se encuentra el OCI.
• Elaborar la Carpeta de Control y remitirla a las unidades orgánicas competentes de la CGR para la comunicación de hechos evidenciados durante el desarrollo de servicios de control posterior al Ministerio Público conforme a las disposiciones emitidas por la CGR.
• Orientar, recibir, derivar o atender las denuncias, otorgándole el trámite que corresponda de conformidad con las disposiciones del Sistema Nacional de Atención de Denuncias o de la CGR sobre la materia.
• Realizar el seguimiento a las acciones que las entidades dispongan para la implementación efectiva y oportuna de las recomendaciones formuladas en los resultados de los servicios de control, de conformidad con las disposiciones emitidas por la CGR.
• Apoyar a las Comisiones Auditoras que designe la CGR para la realización de los servicios de control en el ámbito de la entidad en la cual se encuentra el OCI, de acuerdo a la disponibilidad de su capacidad operativa. Asimismo, el Jefe y el personal del OCI deben prestar apoyo, por razones operativas o de especialidad y por disposición expresa de las unidades orgánicas de línea u órganos desconcentrados de la CGR, en otros servicios de control y servicios relacionados fuera del ámbito de la entidad. El Jefe del OCI, debe dejar constancia de tal situación para efectos de la evaluación de desempeño, toda vez que dicho apoyo impactará en el cumplimiento de su Plan Anual de Control.
• Cumplir diligente y oportunamente, de acuerdo a la disponibilidad de su capacidad operativa, con los encargos y requerimientos que le formule la CGR.
• Cautelar que la publicidad de los resultados de los servicios de control; así como los servicios relacionados se realicen de conformidad con las disposiciones emitidas por la CGR.
• Cautelar que cualquier modificación al Cuadro de Puestos, al presupuesto asignado o al ROF, en lo relativo al OCI se realice de conformidad a las disposiciones de la materia y las emitidas por la CGR.
• Promover la capacitación, el entrenamiento profesional y desarrollo de competencias del Jefe y personal del OCI a través de la Escuela Nacional de Control o de otras instituciones educativas superiores nacionales o extranjeras.
• Mantener ordenados, custodiados y a disposición de la CGR durante diez (10) años los informes de auditoría, documentación de auditoría o papeles de trabajo, denuncias recibidas y en general cualquier documento relativo a las funciones del OCI, luego de los cuales quedan sujetos a las normas de archivo vigentes para el sector público.
• Efectuar el registro y actualización oportuna, integral y real de la información en los aplicativos informáticos de la CGR.
• Mantener en reserva y confidencialidad la información y resultados obtenidos en el ejercicio de sus funciones.
• Promover y evaluar la implementación y mantenimiento del Sistema de Control Interno por parte de la entidad.
• Presidir la Comisión Especial de Cautela en la auditoría financiera gubernamental de acuerdo a las disposiciones que emita la CGR.