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El 18 de setiembre de 1965, por R. R. Nº 1076, se conformó la Comisión Organizadora de la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Federico Villarreal, para preparar médicos que atiendan los problemas nacionales de la salud y la enfermedad, presidida por el doctor Alejandro Tapia Freses.

El 12 de abril de 1966, por R. R. Nº 1398, se crea la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Federico Villarreal, iniciando sus actividades en el mismo año, siendo su primer decano el doctor Alejandro Tapia Freses. Posteriormente toma el nombre de Programa Académico de Ciencias Médicas, hasta 1982, dedicándose sólo a la formación de médicos cirujanos.

El 15 de febrero de 1983, mediante R. R. Nº 10580 se dispone la creación del Programa Académico de Enfermería, bajo la supervisión del Programa Académico de Medicina.

En 1984, con la nueva Ley Universitaria, toma el nombre de Facultad de Medicina, con las escuelas profesionales de Medicina y Enfermería.

Con fecha 17 de mayo de 1984 y, mediante R. R. Nº 13512, se crea el Programa Académico de Nutrición.

Mediante R. C. R Nº 3953-94-UNFV., de fecha 13-09-94 se denominó, “Facultad de Medicina Humana Hipólito Unanue” y a mérito de la R.C.R. Nº 4117-94-UNFV., del 12 de octubre de 1994, se rectifica la R.C.R. Nº 3953-94-UNFV., denominándose a partir de dicha fecha Facultad de Medicina “Hipólito Unanue”.

Posteriormente, con fecha 21 de agosto de 1998, mediante R.C.R. Nº 15180, se crea la Escuela Profesional de Obstetricia.

Actualmente la Facultad de Medicina “Hipólito Unanue” está integrada por las Escuelas Profesionales de: Medicina, Enfermería, Nutrición y Obstetricia.